关联交易定价若不符合交易原则，税务机关可依据《特别纳税调整实施办法》进行纳税调整。调整方法包括可比非受控价格法（CUP）、交易净利润法（TNMM）、利润分割法等。近年来，税务机关更倾向于使用“价值链分析”判断利润归属合理性。 此外，税务机关还可能采用其他方法如再销售价格法，适用于商品再销售者未对商品进行改变外型、性能、结构或更换商标等实质性增值加工的情况。通过这些方法，税务机关能够确保关联交易的定价符合市场公平交易原则，防止企业通过关联交易进行利润转移或避税行为。在实际操作中，税务机关还会综合考虑各种因素，如市场环境、行业特点、企业规模等，以确保调整方法的合理性和准确性。 案例：某汽车零部件企业向境外母公司销售产品采用成本加成5%，但税务机关选取可比公司（同为二级供应商）证明合理加成率应为8%-12%，然后调增收入1.2亿元，补税3000万元。
专业机构开展税务健康检查时，委托人需在启动阶段完成"三定三清"工作：① 定范围（明确检查年度、税种、分子公司覆盖名单，避免后期争议）；② 定密级（签署《保密协议》特别条款，如禁止将检查结果用于金融机构授信）；③ 定对接（指定熟悉企业历史的财务老员工作为协调人）。某集团企业因未将新收购的矿业子公司纳入检查范围，导致后续暴露出未申报资源税的遗留问题。服务团队组建时，委托人可要求专业机构配置"铁三角"团队：税务师（政策解读）、审计师（账务核查）、IT顾问（数据提取），并确认主审人员近三年无行业利益竞争（如曾服务主要竞争对手）。在资料准备环节，委托人应在签署委托协议后5个工作日内提供"三套账"：税务账（申报表底稿）、财务账（审计报告）、内部管理账（预算执行分析），并标注差异说明（如业务招待费税前扣除超标部分的管理账调整记录）。
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